Investigadors de l’Institut d’Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL) han creat una aplicació informàtica, anomenada MinerProt, que permet la classificació de proteïnes segons la seva funció. El sistema, creat en col·laboració amb investigadors de la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) i la Universitat Pompeu Fabra (UPF), resulta útil per prioritzar la importància de certes proteïnes. L’estudi ha estat publicat a la revista Molecular Biosystems.
L’equip, coordinat per la investigadora de l’IDIBELL Àngels Sierra, ha utilitzat aquesta eina juntament amb xarxes d’interacció proteïna-proteïna per crear perfils específics d’expressió de proteïnes per a diferents metàstasi de càncer de mama, en cervell, pulmó, fetge i os, establint funcions prioritàries en cadascuna d’elles. L’aproximació funcional, basada en la selecció de les proteïnes més representatives, pot servir per trobar marcadors per predir l’evolució del procés cancerós, així com per desenvolupar futures dianes terapèutiques.
El principal objectiu de la recerca ha estat buscar un classificador funcional que ajudi a interpretar totes les dades referents a les proteïnes relacionades amb les metàstasis del càncer de mama, donat el gran nombre que es troba diferencialment expressat i la seva complexitat d’estudi. El classificador indica les funcions cel·lulars que poden estar més representades en un determinat tipus de cèl·lula metastàtica. “Sobre aquestes funcions, el classificador ens indica quina proteïna pot ser més important per a la funció que hem integrat”, explica Sierra, i continua: “partint de gens/proteïnes prèviament identificades es classifiquen atenent al grau d’expressió diferencial (significació estadística) per després organitzar-se en una xarxa d’interacció proteïna-proteïna. És una forma pràctica de filtrar la informació, seleccionant les proteïnes clau per definir funcions rellevants. Hem seguit un enfocament basat en discriminar les funcions de les metàstasis de càncer de mama atenent la seva organespecificitat que permetria el creixement cel·lular en microambients d’òrgans distants com os, cervell, fetge i pulmó”.
Hi ha altres programes classificadors similars, però MinerProt prioritza la proteïna més representativa de cada grup funcional, cosa que “ha ajudat a conèixer els mecanismes moleculars característics de la organespecificitat de les metàstasis”, explica la Dra Sierra.
La metàstasi depèn de múltiples i complexes interaccions. Només les cèl·lules adaptades tenen la capacitat de sobreviure i créixer en un òrgan distant. “Identificar interaccions letals entre proteïna i proteïna en les cèl·lules canceroses és una via prometedora per a futurs desenvolupaments de dianes terapèutiques i de fàrmacs cada vegada més potents i selectius”, conclou Sierra.
El treball, finançat per la UE, l’Institut de Salut Carlos III, INCA, el Ministeri d’Educació i Ciència, i l’Associació Espanyola Contra el Càncer (AECC), es podria comercialitzar en un futur.