El cáncer hereditario explica entre el 5 y el 10% de los cánceres en Cataluña y en el mundo. Los pacientes con síndrome de cáncer hereditario tienen variantes en su genoma que elevan su susceptibilidad a desarrollar cáncer en edades más tempranas y con mayor probabilidad de recurrencia. Estas variantes son heredables e identificarlas es de enorme valor para los pacientes: permite mejorar la prevención y el tratamiento de la enfermedad y aumentar la supervivencia y calidad de vida de los pacientes y familiares portadores de la variante.
Precisamente, en el Instituto Catalán de Oncología, el Laboratorio de Diagnóstico Molecular realiza el diagnóstico genético de más de 3.000 pacientes al año evaluando un conjunto de genes, llamado panel, que se sabe que predisponen al cáncer. Este panel incluye genes como BRCA1 y BRCA2, que aumentan el riesgo de desarrollar cáncer de mama y de ovario.
El uso de la bioinformática en la identificación de variantes genéticas
Uno de los tipos de variantes más relevantes a detectar en los pacientes son las CNVs, unas alteraciones que modifican el número de copias de un fragmento de ADN. Son variantes complejas y, para identificarlas, hay que ser capaz de procesar e interpretar grandes cantidades de información genética, normalmente mediante técnicas bioinformáticas avanzadas. Esta es la labor del grupo de investigación en Cáncer Hereditario del IDIBELL y el ICO: mejorar la detección de variaciones genéticas y su interpretación, con el objetivo último de ofrecer un asesoramiento genético adecuado a los pacientes. Una vez identificadas las variantes, los expertos en diagnóstico genético pueden interpretar su relevancia clínica y tomar las medidas adecuadas para tratar la enfermedad a tiempo.
En este sentido, las investigadoras y bioinformáticas Elisabet Munté y Carla Roca, lideradas por el Dr. José Marcos Moreno Cabrera, han evaluado exhaustivamente las 12 herramientas bioinformáticas disponibles actualmente para detectar CNVs a partir de datos de paneles de genes. Según explican en el estudio publicado en Briefings in Bioinformatics, las dos herramientas con mejor capacidad de detección de CNVs son ClinCNV y GATK-gCNV, siendo la segunda especialmente eficaz para detectar estas variantes.
El estudio en cuestión ha contado con la participación de otros hospitales y centros de investigación destacados del territorio, como lo son la Universidad de Barcelona, el Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer (CIBERONC) del Instituto de Salud Carlos III, o el Hospital Germans Trias i Pujol y el Instituto de Investigación Germans Trias i Pujol (IGTP) adjunto.
Una guía abierta para optimizar el diagnóstico de CNVs
Además, las investigadoras también han evaluado el comportamiento de las herramientas modificando sus parámetros y han publicado los resultados a través de 436 gráficas para que sirvan de guía para otros investigadores que quieran utilizarlas. Todos estos datos, recogidos en el artículo publicado, están disponibles en acceso abierto y son de gran valor para los laboratorios de diagnóstico genético de todo el mundo, ya que proporcionan una guía fiable para escoger las mejores herramientas bioinformáticas para la detección de CNVs y ajustarlos correctamente.
Estos estudios comparativos son esenciales para estandarizar la detección de CNVs en entornos clínicos, especialmente en unidades de diagnóstico donde el análisis de paneles es la práctica habitual. Mejorar la identificación de estas variantes significa reducir diagnósticos erróneos, aumentar la detección precoz y, en definitiva, optimizar las estrategias de prevención y tratamiento del cáncer hereditario.
El Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL) es un centro de investigación creado en 2004 y especializado en cáncer, neurociencia, medicina traslacional y medicina regenerativa. Cuenta con un equipo de más de 1.500 profesionales que, desde 73 grupos de investigación, publican más de 1.400 artículos científicos al año. L ́IDIBELL está participado por el Hospital Universitario de Bellvitge y l ́Hospital de Viladecans de l ́Institut Català de la Salut, l ́Institut Català d ́Oncologia, la Universitat de Barcelona y l ́Ajuntament de L ́Hospitalet de Llobregat.
IDIBELL es miembro del Campus d ́Excelencia Internacional de la Universidad de Barcelona HUBc y forma parte de la institución CERCA de la Generalidad de Cataluña. En el año 2009 se convirtió en uno de los cinco primeros centros de investigación españoles acreditados como instituto de investigación sanitaria por el Instituto de Salud Carlos III. Además, forma parte del programa HR Excellence in Research de la Unión Europea y es miembro de EATRIS y REGIC. Desde el año 2018, el IDIBELL es un Centro Acreditado de la Fundación Científica AECC (FCAECC).