Bioinformática

La Unidad de Bioinformática IDIBELL (IBU) inició su actividad en 2018. Su misión es proporcionar a todos los investigadores del campus de Bellvitge asesoramiento científico, apoyo metodológico y recursos tecnológicos sobre bioinformática para mejorar tanto el número como la calidad de los proyectos de investigación con datos de ómicos. También ofrecemos servicios estándar a la comunidad externa.

Nuestro personal tiene más de 15 años experiencia en diseño experimental, análisis de datos ómicos e integración de datos, creación y gestión de bases de datos y ontologías, desarrollo de pipelines y herramientas, así como larga experiencia en docencia reglada y otras actividades formativas en los campos de los datos ómicos y la bioinformática.

El IBU es miembro de la Red Tanslacional de Bioinformática (TransBioNet) impulsada y coordinada por el Instituto Nacional de Bioinformática Española (INB) y participa en nombre de IDIBELL en la actividad de Barcelona Bioinformatics (BIB) y del Instituto CERCA.

Servicios

Por favor, rellene este formulario para solicitar consultas y presupuestos o contacte con nosotros por correo electrónico (bioinformatics@idibell.cat) para resolver cualquier otra duda o duda que pueda tener.

Ayudamos a los investigadores proporcionando:

Consultoría

Diseño experimental
Metodología bioinformática
Software de bioinformática
Solicitud de subvenciones: cotización de servicios, tamaño de muestra, planificación de métodos, etc.
Servicio personalizado

Análisis de los datos

Datos ómicos: genómica, transcriptómica, epigenómica, proteómica, etc.
Minería y análisis de datos utilizando conjuntos de datos públicos
Combine información clínica o biomédica con datos ómicos
Construcción de modelos de predicción/clasificación utilizando técnicas de aprendizaje

Desarrollo de software

Flujos de trabajo o canalizaciones
Bases de datos y ontologías
Herramienta personalizada

Actividades de formación

Aparatos

Actualmente los recursos de la unidad consisten en

2 Workstations

HP Z240: 8 Intel core i7-770 CPU, 3.60GHz, 64GB RAM, 4TB HD
HP Z2 G4: 8 Intel core i7-8700k CPU, 3.70GHz, 64GB RAM, 2TB HD

2 Desktops

HP ProDesk 600 G3 MT: 8 Intel core i7-770 CPU, 3.60GHz, 64GB RAM, 2TB HD
DELL D05D001: 4 Intel core i5-2400 CPU, 3.40GHz, 6GB RAM, 250GB HD

1 Laptop

MackBook Air: dual-core Intel Core i5, 1.6GHz, 8GB RAM, 128GB SSD

1 Unidad de almacenamiento en red

Synology Rackstation RS820RP+, 24TB HD

Publicaciones seleccionadas

DGCR8 and the six hit, three-step model of schwannomatosis.
Nogué C, Chong AS, Grau E, Han H, Dorca E, Roca C, Mosquera JL, Lázaro C, Foulkes WD, Brunet J, Rivera B.
Acta Neuropathologica (2021). doi: 10.1007/s00401-021-02387-z

Disruption of NIPBL/Scc2 in Cornelia de Lange Syndrome provokes cohesin genome-wide redistribution with an impact in the transcriptome.
Garcia P, Fernandez-Hernandez R, Cuadrado A, Coca I, Gomez A, Maqueda M, Latorre-Pellicer A, Puisac B, Ramos FJ, Sandoval J, Esteller M, Mosquera JL, Rodriguez J, Pié J, Losada A, Queralt E.
Nature Communications 12:4551 (2021). doi:10.1038/s41467-021-24808-z

Repopulation of decellularized retinas with hiPSC-derived retinal pigment epithelial and ocular progenitor cells shows cell engraftment, organization and differentiation.
Maqueda M, Mosquera JL, García-Arumí J, Veiga A, Duarri A.
Biomaterials 276:121049 (2021). doi:10.1016/j.biomaterials.2021.121049

REST is a major negative regulator of endocrine differentiation during pancreas organogenesis.
Rovira M, Atla G, Maestro MA, Grau V, García-Hurtado J, Maqueda M, Mosquera JL, Yamada Y, Kerr-Conte J, Pattou F, Ferrer J.
Genes & Development 35:1229-1242 (2021). doi: 10.1101/gad.348501.121

Genome-Wide RNAi Screening Identifies Novel Pathways/Genes Involved in Oxidative Stress and Repurposable Drugs to Preserve Cystic Fibrosis Airway Epithelial Cell Integrity.
Checa J, Martínez-González I, Maqueda M, Mosquera JL, Aran JM.
Antioxidants 10(12):1936 (2021). doi:10.3390/antiox10121936