Un abordaje multicéntrico permite mejorar la clasificación de variantes de un gen de predisposición al cáncer

  • Un consorcio español liderado por el grupo de Cáncer Hereditario ICO-IDIBELL publica una guía para estandarizar y mejorar la clasificación de variantes en el gen ATM.
  •  La correcta clasificación de las variantes genéticas en este gen puede ayudar al diagnóstico precoz y al tratamiento personalizado del cáncer en los pacientes portadores de las mismas.
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Aproximadamente un 10% de los pacientes con cáncer presentan una variante genética germinal en todas sus células que les predispone a desarrollar tumores de forma más temprana. La identificación de estos pacientes es importante para ofrecerles una valoración personalizada del riesgo de cáncer, así como unas medidas de seguimiento, prevención y tratamiento ajustadas a su condición genética. Además, la identificación de una variante patogénica germinal en un paciente permite realizar estudios predictivos de la misma en sus familiares.

El diagnóstico genético actualmente se realiza analizando paneles de genes mediante técnicas de secuenciación masiva. Esta aproximación ha conllevado un aumento en la tasa de detección de variantes patogénicas, pero también un aumento en el número de variantes de significado desconocido. La correcta interpretación clínica de los datos genómicos requiere conocer en detalle las características estructurales y funcionales de cada uno de los genes estudiados, así como las manifestaciones clínicas asociadas a la presencia de defectos genéticos en ellos.

Se ha descrito que variantes patogénicas en el gen ATM aumentan el riesgo de cáncer, particularmente de cáncer de mama, y por esta razón este gen está incluido en la mayoría de los paneles de cáncer hereditario. ATM es un gen grande, con un elevado número de variantes identificadas, muchas de significado desconocido que representan un gran problema clínico.

Con la finalidad de mejorar la clasificación de variantes en el contexto del cáncer hereditario en nuestro entorno, se inició un esfuerzo colaborativo, liderado por el Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL) y el Instituto Catalán de Oncología (ICO), para estandarizar y mejorar la clasificación de variantes en el gen ATM.

Seis laboratorios independientes recogieron información de 766 individuos portadores de 283 variantes diferentes en el gen ATM. Tras recoger y organizar la información de las variantes se realizaron teleconferencias periódicas para la revisión de los criterios internacionales de clasificación de variantes genéticas, ajustándolos de forma específica para el gen ATM. Una vez consensuados, dichos criterios se utilizaron en una prueba piloto de 50 variantes representativas. Con la nueva clasificación se logró una reducción del número de variantes con significado desconocido del 58% al 42%.

Los resultados, publicados en la revista Clinical Chemistry, destacan la importancia de compartir la información entre laboratorios, así como de optimizar los criterios de clasificación dentro de un entorno multidisciplinar para mejorar la clasificación clínica de las variantes genéticas, que evidentemente repercutirá en el manejo médico de los pacientes portadores de las mismas y de sus familiares.

 

Un trabajo de equipo

 

En este estudio se han obtenidos datos genéticos de 6 laboratorios españoles:

  • Laboratorio Diagnóstico Molecular ICO-IDIBELL, Hospitalet de Llobregat, Barcelona
  • Grupo de cáncer hereditario (VHIO)-Laboratorio de Genética Molecular-Hospital Vall d’Hebron, Barcelona
  • Fundación Pública Galega Medicina Xenómica (FPGMX), SERGAS e Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS), Santiago de Compostela
  • Laboratorio de Oncología Molecular, Hospital Clínico San Carlos, Madrid
  • Laboratorio de Genética Humana, CNIO, Madrid
  • Laboratorio de Cáncer Hereditario, Hospital 12 de Octubre, Madrid

Además, se han incorporado al estudio expertos en predicción bioinformática (grupo de Xavier de la Cruz, VHIR) así como expertos en el conocimiento de las bases genéticas, clínicas y moleculares del gen ATM (Ignacio Molina, Universidad de Granada).

 

 

Este estudio ha contado con el soporte de varios proyectos de investigación del Instituto de Salud Carlos III, siendo varios de los investigadores participantes miembros de CIBERONC y CIBERER.

El Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL) es un centro de investigación en biomedicina creado en 2004. Está participado por el Hospital Universitario de Bellvitge y el Hospital de Viladecans del Instituto Catalán de la Salud, el Instituto Catalán de Oncología, la Universidad de Barcelona y el Ayuntamiento de L’Hospitalet de Llobregat.

El IDIBELL es miembro del Campus de Excelencia Internacional de la Universidad de Barcelona HUBc y forma parte de la institución CERCA de la Generalitat de Catalunya. En 2009 se convirtió en uno de los cinco primeros centros de investigación españoles acreditados como instituto de investigación sanitaria por el Instituto de Salud Carlos III. Además, forma parte del programa «HR Excellence in Research» de la Unión Europea y es miembro de EATRIS y REGIC. Desde el año 2018, IDIBELL es un Centro Acreditado de la Fundación Científica AECC (FCAECC).

ENLACES RELACIONADOS

A Collaborative Effort to Define Classification Criteria for ATM Variants in Hereditary Cancer Patients. Lidia Felibadaló et al. Clinical Chemistry. 2020. doi.org/10.1093/clinchem/hvaa250

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