La microbiota intestinal, és a dir, els microorganismes que viuen en els nostres intestins, ens poden donar pistes de l’estat de salut d’una persona, ja que la seva composició pot dependre de factors com la dieta, l’estil de vida o de les patologies que patim. Es més, saber quins bacteris concrets estan als nostres intestins ens podria ajudar a predir malalties com el càncer de còlon. Els nous avenços en els mètodes de seqüenciació del genoma i les eines bioinformàtiques que ens permeten analitzar-ne les dades, ens han ajudat a identificar milers de nous microorganismes presents als nostres intestins a través de l’anàlisi del seu genoma.
Un equip format per investigadors de l’Institut d’Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL) i de l’Institut Català d’Oncologia (ICO), han realitzat una prova pilot en l’anàlisi del genoma de la microbiota intestinal. En aquest estudi han analitzat, per dos mètodes de seqüenciació diferents, biòpsies de còlon i mostres fecals de nou pacients. L’objectiu ha estat posar a punt les tècniques de seqüenciació i les eines d’anàlisi bioinformàtic.
Es tracta del primer treball d’un projecte que pretén ser molt més extens. Les dades obtingudes en aquesta prova pilot serviran de base per al disseny del mètode d’anàlisi del projecte Colonbiome. Aquest gran projecte té per objectiu buscar marcadors de la microbiota que puguin servir per a la detecció precoç del càncer de còlon. Per fer-ho, es recolliran biòpsies de còlon i mostres de femta de pacients sans i pacients amb diferents fases de càncer colorectal, després se’n seqüenciarà el genoma de la microbiota per identificar les diferències entre els grups.
Dades a l’abast de tothom
Totes les dades obtingudes en aquest estudi pilot han estat introduïdes en la European Nucleotide Archive, una base de dades pública i col·laborativa, on es comparteixen seqüències genòmiques de tota mena per a l’aprofitament de tota la comunitat científica. A més, tots els resultats d’aquesta primera prova pilot han estat publicats a la revista Scientific Data, revista també pública, on s’hi han detallat tant les seqüències com les fórmules d’anàlisi bioinformàtic utilitzades.
Aquest estudi no només pretén ser útil per als futurs treballs del grup, sinó que gràcies al seu caràcter obert i públic pretén ser una ajuda a tots aquells grups de recerca que estiguin realitzant anàlisis similars o provant noves eines bioinformàtiques, als quals se’ls posa a l’abast tots els resultats obtinguts. A més, els investigadors asseguren que també faran públics tots els detalls dels estudis posteriors, per així seguir contribuint en la col·laboració i l’avenç del camp.
Els dos mètodes de seqüenciació
En l’estudi s’han comparat dos mètodes de seqüenciació: el 16s i el Shotgun. El primer desxifra la seqüència d’un sol gen dels microorganismes, mentre que el segon ens dona la seqüència completa de tot el genoma. Tot i que en seqüenciar un únic gen perdem resolució, pot resultar més econòmic. A més, el fet de seqüenciar un gen només present en la microbiota ens permet analitzar mostres de biòpsies sense que el genoma humà hi interfereixi.
Addicionalment, la prova pilot ha mostrat que ambdues tècniques són consistents. Tot i que la seqüenciació completa és més sensible i hi distingim més espècies de microorganismes, en cap moment contradiu els resultats obtinguts en seqüenciar un únic gen.